In einer Schüssel Eier, Milch, Salz, Pfeffer und Muskatnuss gut vermengen. Füge nach und nach das Mehl hinzu, bis ein glatter Teig entsteht. Lass ihn etwa 10 Minuten ruhen.

Bringe einen großen Topf mit Wasser und einer Prise Salz zum Kochen. Drücke den Teig portionsweise durch eine Spätzlepresse oder mit einem Kochlöffel ins kochende Wasser. Die Spätzle sind fertig, wenn sie an die Oberfläche steigen. Lass sie gut abtropfen.

Fette eine Auflaufform leicht ein und verteile die gekochten Spätzle gleichmäßig darin. Streue den geriebenen Käse großzügig über die Spätzle.

Erhitze in einer Pfanne die Butter und brate die in Ringe geschnittenen Zwiebeln goldbraun. Achte darauf, dass sie knusprig werden, und lass sie auf Küchenpapier abtropfen.

Gieße eine Mischung aus den restlichen Eiern und Milch über die Spätzle und den Käse. Verteile die restliche Butter darauf, und backe das Ganze bei 180 °C ca. 20-25 Minuten, bis der Käse geschmolzen und leicht goldbraun ist.

Nimm das Gericht aus dem Ofen und garniere es sofort mit den knusprigen Röstzwiebeln und gehackter Petersilie.