In einer großen Schüssel, Eier leicht schlagen und Weizendunst, Salz und Muskatnuss gut vermischen, bis alles gut kombiniert ist. Der Teig sollte zähflüssig sein.

Rühre die geschmolzene Butter unter, bis der Teig glatt ist. Bei Bedarf mehr Eier oder Wasser hinzufügen, um die Konsistenz anzupassen.

Butter in einer Pfanne erhitzen, geschnittene Zwiebeln hinzufügen und bis goldbraun anbraten. Zucker und Salz hinzufügen, um die Karamellisierung zu beschleunigen. Beiseite stellen.

In einem großen Topf mit Salzwasser zum Kochen bringen, Hitze reduzieren. Mit einer Spätzlepresse oder einem Schaufel den Teig ins Wasser geben und kochen, bis sie an die Oberfläche schwimmen.

Gekochte Spätzle abtropfen lassen und in eine Auflaufform schichten. Käse, Milch und Sahne hinzufügen. Auf dem Herd erwärmen, bis der Käse schmilzt; nach Geschmack würzen.

Mit restlichem Käse bestreuen und bei 220°C ca. 20 Minuten backen, bis alles goldbraun ist. Vor dem Servieren mit knusprigen Zwiebeln und frischen Kräutern garnieren.